В работе Росморречфлота выявлены финансовые и организационные нарушения на десятки миллиардов рублей: часть построенных за счёт бюджета судов не используется, сроки крупных строек сорваны, а отдельные субсидии оказались завышены. Проверка Счётной палаты выявила, что при реализации контрактов на строительство морских судов организация допустила избыточное финансирование на сумму почти 9,7 млрд рублей.
По данным аудиторов, средства были перечислены несмотря на низкие темпы строительства и перенос сроков исполнения трёх государственных контрактов.
Отдельное внимание проверяющие уделили аварийно-спасательному флоту. Семь многофункциональных судов общей стоимостью 17,6 млрд рублей, построенных за счёт федерального бюджета и переданных Морспасслужбе, не используются для выполнения государственного задания. Фактически дорогостоящие суда не задействованы по своему прямому назначению.
Нарушения обнаружены и при предоставлении субсидий пассажирским перевозчикам в Азово-Черноморском бассейне. План по количеству перевезённых пассажиров был почти вдвое сокращён, однако объём финансовой поддержки не пересматривался пропорционально новым показателям.
Проверка также показала, что Росморречфлот не завершил в намеченный срок реконструкцию Рыбинского гидроузла. Работы по контракту стоимостью 4,85 млрд рублей должны были закончиться до конца 2024 года, однако подрядчик не выполнил обязательства вовремя. Несмотря на высокую степень готовности объекта, которая достигла 97,3%, строительство до сих пор не завершено.
На этом фоне сохраняется значительный объём незавершённого строительства. По состоянию на 1 января 2026 года стоимость таких объектов достигла 66,042 млрд рублей. Речь идёт о 119 проектах, реализация которых остаётся незавершённой.
